Magdalena tiene una diversidad tangible e intangible en su patrimonio y parte del paisaje agavero, es conocido mundialmente por sus trabajos en joyería, sobre todo el ópalo, artesanía que ha conseguido premios internacionales. Todas estas piedras son localizadas en las minas de los cerros aledaños a la población.

Magdalena cuenta con el Museo Interpretativo del Paisaje Agavero y la Minería donde el visitante podrá disfrutar de la Sala de trabajo de mina de la obsidiana negra.

Una belleza natural con la que cuenta es la Laguna de Magdalena donde se aportan cantidades exuberantes de especies de aves, existe registros que la laguna se extendida hasta el Municipio de Etzatlán.

En este municipio cuenta con el Bosque de la Joya, zona boscosa basada en laurel y roble, paseo al que se puede ir en vehículo por un camino rural en buen estado, ideal para la práctica del ecoturismo, algunas de las actividades son la caminata, la cabalgata, el ciclismo y la observación sideral, de igual manera se cuenta con yacimientos de obsidiana a 10 minutos de la cabecera municipal.